Інформаційна система після отримання від підприємства електронного повідомлення і сканованих копій документів перевіряє реквізити попередньої митної декларації та електронний цифровий підпис посадової особи підприємства, зберігає отримані повідомлення і документи, інформує відповідний контролюючий орган про їх надходження шляхом відображення електронного повідомлення у веб-інтерфейсі та за наявності даних в інформаційній системі надсилає листа на адресу електронної пошти уповноваженої посадової особи органу за місцезнаходженням митниці призначення. Про дату і час надсилання повідомлення і документів контролюючому органові для проведення відповідного виду державного контролю, а також про негативні результати перевірки електронного цифрового підпису чи помилки у реквізитах попередньої митної декларації інформаційна система повідомляє підприємство.
Якщо протягом чотирьох робочих годин з моменту отримання через веб-інтерфейс електронного повідомлення і сканованих документів уповноважена посадова особа контролюючого органу не вносила до інформаційної системи будь-яке рішення, інформаційна система автоматично формує рішення про здійснення відповідного виду державного контролю, яке є підставою для завершення митного контролю та митного оформлення товарів, що переміщуються через митний кордон України.
Але у разі відсутності інформації в інформаційній системі повідомлення або наявності технічних помилок в направленні такого повідомлення, принцип "мовчазної згоди", передбачений ПКМУ №364 не застосовується, а митний контроль та митне оформлення товарів, до яких застосовуються державні види контролю, здійснюється в установленому порядку відповідно до статті 319 Митного кодексу України із засвідченням результатів про їх проведення на товаросупровідних документах.